為確保無塵室工程潔凈廠房的正常生產和工作，應設置一套較完整的自控裝置，實現以下功能：潔凈室空氣潔凈度、溫濕度、壓差監控、風閥調節、高純氣體、純水和循環冷卻水的溫度、壓力、流量的檢測、氣體純度、純水水質的監測等。在選擇FFU風機外殼結構的時候，不但要考慮避免風機泄漏和消除運輸與搬運期間帶來的損壞，而且還要考慮能用消毒劑消毒，以及FFU使用的環境,因此zui好選用不銹鋼或鋁合金的材料作外殼。

在科學技術不斷引進的基礎上，工業化產品的更新也日益獲得了進步，使得諸多產物呈現出高科技特點。這也使得人們對于工業車間的要求日益嚴格，因此在保證技術密集的基礎上，設計者為了提高技術經濟效益，在進行千級無塵室的設計時應設法盡可能地考慮一定的靈活性，以便使建成后的車間能隨著科學技術的發展，方便地進行技術改造，適應產品換代或設備更新的要求。無塵室門窗上的縫隙分為固定縫隙和活動縫隙。性質不同在無塵室門、窗上所占比例也不同。無塵室門、窗密閉采取的氣密措施也不完全相同。

無塵室FFU控制方式：目前FFU一般采用單相多速交流電機、三相多速交流電機和直流電機。電機的供電電壓大致有110V、220V、270V、380V四種。電話和火警設備不能少,在無塵室工程廠房設置電話，對講電話，可以減少人員在潔凈區走動，減少發塵量，也可在萬一發生火災時及時與外部聯系，也為正常工作聯系創造條件。

無塵室噪音控制：FFU的風機一般為幾臺甚至幾十臺并聯使用，當設計時要考慮FFU噪音的疊加，保證《潔凈室廠房設計規范GB0073-2001》中明確規定“潔凈室內的噪音級(空態),非單向流潔凈室不應大于60dB，單向流、混合流潔凈室不應大于65dB”的要求。因此在選擇風機時zui好選擇、壓出式、直驅后徑向葉片風機，這樣可以降低整體噪音。