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lncRNA測(cè)序
長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長(zhǎng)度大于200 nt的RNA,位于細(xì)胞核內(nèi)或胞漿中,不參與蛋白質(zhì)編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等)調(diào)控基因的表達(dá)水平,在生命活動(dòng)中具有重要作用。腺病毒包裝原理介紹腺病毒是一種沒(méi)有包膜的直徑為79-90nm的顆粒,由252個(gè)殼粒呈二十面體排列構(gòu)成。
長(zhǎng)鏈非編碼RNA測(cè)序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對(duì)富集到的 RNA進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建,再對(duì)高通量測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法。近年來(lái),分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)的方法學(xué)研究取得了進(jìn)展,先后建立了各種分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息,對(duì)lncRNAs的類(lèi)別、功能進(jìn)行的深入分析,從而快速準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過(guò)程(例如發(fā)育、疾病等)相關(guān) lncRNA信息。

凝膠阻滯遷移電泳檢測(cè)服務(wù)(EMSA)
凝膠遷移或電泳遷移率實(shí)驗(yàn)(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)是一種研究DNA/RNA結(jié)合蛋白和其相關(guān)的DNA/RNA結(jié)合序列相互作用的技術(shù),可用于定性和定量分析。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序全轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的總和,包括mRNA和各種noncodingRNA。依據(jù)實(shí)驗(yàn)需要,設(shè)計(jì)標(biāo)記探針、非標(biāo)記探針、蛋白特異性抗ti等參照物,基于DNA-蛋白質(zhì)或RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體在聚bing烯酰胺凝膠電泳(PAGE)中有不同遷移率的原理,當(dāng)轉(zhuǎn)錄因子與特異的DNA或RNA結(jié)合后,其在PAGE中的遷移率將小于未結(jié)合核蛋白轉(zhuǎn)錄因子的DNA,從而檢測(cè)到活化的與DNA或RNA結(jié)合的蛋白轉(zhuǎn)錄或調(diào)節(jié)因子。
二、使用說(shuō)明
1、裝載探針
對(duì)于刺激時(shí)間較短(通常為2小時(shí)以?xún)?nèi))的細(xì)胞,先裝載探針,后用活性氧陽(yáng)性對(duì)照及自己感興趣的刺激細(xì)胞。對(duì)于細(xì)胞刺激
時(shí)間較長(zhǎng)(通常為6小時(shí)以上)的細(xì)胞,先用活性氧陽(yáng)性對(duì)照及自己感興趣的刺激細(xì)胞,后裝載探針。
原位裝載探針:本方法僅適用于貼壁培養(yǎng)細(xì)胞。按照1:1000用無(wú)培養(yǎng)液稀釋DCFH-DA,使終濃度為10微摩爾/升。去除細(xì)胞培養(yǎng)液,加入適當(dāng)體積稀釋好的DCFH-DA。目前常用的RNA干擾手段為miRNA、shRNA和siRNA等。加入的體積以能充分蓋住細(xì)胞為宜,通常對(duì)于六孔板的一個(gè)孔加入稀釋好的DCFH-DA的體積為1毫升。37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱內(nèi)孵育20分鐘。用無(wú)細(xì)胞培養(yǎng)液洗滌細(xì)胞三次,以充分去除未進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)的DCFH-DA。

7.如何檢測(cè)引物的純度?
答:實(shí)驗(yàn)室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝膠進(jìn)行電泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和,上樣前加熱變性(95℃,2mins)。分子實(shí)驗(yàn)介紹——印跡(Westernblot)檢測(cè)通過(guò)SDS-PAGE凝膠將細(xì)胞或生物樣品內(nèi)的蛋白按照蛋白分子量從大到小規(guī)律分離開(kāi)。加入尿素的目的一是變性,二是增加樣品比重,容易加樣。600V電壓進(jìn)行電泳,一定時(shí)間后(約2-3小時(shí)),剝膠,用熒光TLC板在紫外燈下檢測(cè)帶型,在主帶之下沒(méi)有雜帶,說(shuō)明純度是好的。如果條件許可,也可以用EB 染色或銀染方式染色。
而有的廠家提供Maldi-TOF質(zhì)譜QC質(zhì)量控制,從而保障了合成的準(zhǔn)確率:
Bioneer使用多重Maldi-TOF質(zhì)譜儀進(jìn)行全自動(dòng)裝載及監(jiān)測(cè)。 每份樣品的質(zhì)譜分析數(shù)據(jù)將自動(dòng)插入到寡核苷酸的信息單中。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及基因結(jié)構(gòu)等研究的基礎(chǔ),通過(guò)新一代高通量測(cè)序,能夠快速的獲得某一物種特定組織或在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息,已廣泛應(yīng)用于臨床診斷、基礎(chǔ)研究和研發(fā)等領(lǐng)域。Bioneer是世界上僅有的幾個(gè)對(duì)生產(chǎn)的每份核苷酸 (單個(gè)寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF質(zhì)譜儀檢測(cè)進(jìn)行核苷酸QC檢測(cè)的廠商,而且免費(fèi)提供質(zhì)譜數(shù)據(jù)。
8.如何計(jì)算引物的濃度?
答:引物保存在高濃度的狀況下比較穩(wěn)定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情況下,建議將引物的濃度配制成50pmol/ul,加水的體積(微升)按下列方式計(jì)算:V (微升)= OD數(shù)*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。由于腺病毒的這些特點(diǎn)使其廣泛地應(yīng)用于體外基因轉(zhuǎn)導(dǎo)、體內(nèi)接種yi苗、和基因zhi療等各個(gè)領(lǐng)域。引物的分子量可以從合成報(bào)告單上獲得。如果需要配制成其他濃度,按上述公式換算。
注意:1 OD260= 33 ug/ml.
