次氯酸水消毒劑的優勢：次氯酸消毒劑效果受有機物多少、使用消毒劑濃度、溫度、等因素的影響。消毒對象體系中的有機物多，殺菌效果相對降低，消毒劑濃度增加、溫度升高，均能使用其殺菌作用增強。在未添加有機物的條件下，懸液殺菌試驗，有效含氯量50mg/L的次氯酸消毒劑在20℃~25℃、3min對枯草菌黑色變種芽孢的殺菌率達99.999%以上，在40℃時，同樣有效氯含量的次氯酸水達到相同的效果僅需30S;而60mg/L的次氯酸消毒劑在35℃，1min可以達到同樣的殺滅效果。

次氯酸水消毒劑是解決次氯酸容易降解的辦法，以密閉阻光的容器，經常六個月的時間其總自由氯含量才降解一半，重要的是消毒的使用濃度與其他酸性次氯酸溶液高出不多。 這是因為我們將容易被降解的次氯酸藏起來，讓他不會立即產生氧化還原反應，當有病菌消耗掉次氯酸時，我們再將次氯酸根轉換為次氯酸，如此循環可同時保有良好消毒效果及保存效果。

凡是能溶于水產生次氯酸水的消毒劑，統稱為含氯消毒劑。它是一種古老的消毒劑，但至今為止任然是一種優良的消毒劑。含氯消毒劑的消毒能力，取決于有效氯含量(相當于多少氯的氧化能力)。

次氯酸在殺菌和殺病毒過程中,不僅可作用于細胞壁、病毒外殼,而且因次氯酸分子小,不帶電荷,還可滲透入菌(病毒)體內,與菌(病毒)體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應,從而病原微生物 R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O。同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，使其細胞喪失活性。