正如電子管電路向晶體管電路和集成電路發展時所經歷的那樣，核酸雜交技術的集成化也已經和正在使分子生物學技術發生著一場革命。現在全世界已有十多家公司專門從事基因芯片的研究和開發工作，且已有較為成型的產品和設備問世。主要代表為美國 Affymetrix 公司。該公司聚集有多位計算機、數學和分子生物學，其每年的研究經費在一千萬美元以上，且已歷時六七年之久，擁有多項。

主要原因是，合成反應每步產率比較低，不到 95% 。而通常固相合成反應每步的產率在 99% 以上。因此，探針的長度受到了限制。而且由于每步去保護不很，致使雜交信號比較模糊，信噪比降低。為此有人將光引導合成技術與半異體工業所用的光敏抗蝕技術相結合，以酸作為去保護劑，使每步產率增加到 98% 。原因是光敏抗蝕劑的解離對照度的依賴是非線性的，當照度達到特定的閾值以上保護劑就會解離。所以，該方法同時也解決了由于蔽光膜透光孔間距離縮小而基因芯片引起的光衍射問題，有效地提高了聚合點陣的密度。另據報導 ，利用波長更短的物質波如電子射線去除保護可使點陣密度達到 1010/cm2 。

按照芯片上的探針對微陣列芯片進行分類，有核酸芯片、蛋白質芯片和組織芯片等，目前應用泛的是核酸芯片，核酸芯片又有兩種類型，分別是cDNA微陣列和寡核苷酸微陣列。

cDNA基因文庫由PCR產物組成，為雙鏈結構，長度一般在數百至數千堿基對，因而芯片的雜交條件對每個基因不能保證是的，假陽性率較高，因此，判定cDNA微陣列的終結果時，有必要對篩選出的基因進行測序。在應用cDNA微陣列進行研究時，一般需要提供一個對照樣本，將其與需要研究的標本給予不同的標記，將二者燈亮混合后共同注入芯片進行孵育。掃描后得到的原始數據是各個單元格中信號強度的比率。