由于尚未形成主流技術，生物芯片的形式非常多，以基質材料分，有尼龍膜、玻璃片、塑料、硅膠晶片、微型磁珠等；以所檢測的生物信號種類分，有核酸、蛋白質、生物組織碎片甚至完整的；按工作原理分類，有雜交型、合成型、連接型、親和識別型等。由于生物芯片概念是隨著人類基因組的發展一起建立起來的，所以至今為止生物信號平行分析成功的形式是以一種尼龍膜為基質的“cDNA陣列”，用于檢測生物樣品中基因表達譜的改變。折疊

主要原因是，合成反應每步產率比較低，不到 95% 。而通常固相合成反應每步的產率在 99% 以上。因此，探針的長度受到了限制。而且由于每步去保護不很，致使雜交信號比較模糊，信噪比降低。為此有人將光引導合成技術與半異體工業所用的光敏抗蝕技術相結合，以酸作為去保護劑，使每步產率增加到 98% 。原因是光敏抗蝕劑的解離對照度的依賴是非線性的，當照度達到特定的閾值以上保護劑就會解離。所以，該方法同時也解決了由于蔽光膜透光孔間距離縮小而基因芯片引起的光衍射問題，有效地提高了聚合點陣的密度。另據報導 ，利用波長更短的物質波如電子射線去除保護可使點陣密度達到 1010/cm2 。

1. 數據可靠分析

因為用基因芯片進行雜交分析，每次實驗結果都會有些變化，因為包括靶DNA濃度、探針濃度、雜交雙方的序列組成、鹽濃度以及溫度等許多因素影響了雜合雙鏈的形成和穩定性。因此，需要進行重復試驗以確保數據的準確。主要的方法是通過兩次平行雜交反應，將每個基因在兩個反應中的表達水平做成對應散點圖，只要絕大多數基因的雜交結果都在45度斜線附近，就說明實驗結果是可的。

為了提高dna分子的穩定性，通常將dna固定在固態基質表面。dna的共價固定在pcr、分子檢測等領域擁有廣泛的應用，現有技術中，常用共價固定dna分子的技術主要包括利用肽鍵的方式、利用各種硅烷偶聯劑的方式、利用巰基的方式等，常用于dna固定化的固態基質有金剛石、金屬、金屬氧化物、陶瓷、塑料等，上述材料擁有良好的物理性能，然而由于上述材料多孔結構的制備較為復雜，所以通常dna是直接固定在材料的外表面上。